Thermodynamische Systeme sind physikalische Systeme, in denen thermodynamische Erscheinungen und Vorgänge ablaufen. Abgegrenzt sind sie von der Umgebung durch eine Systemgrenze, die festgelegt werden muss.

So wie ein Haus aus Ziegeln, Betonteilen und Balken entsteht, so dienen auch relativ wenige Grundstrukturen zur Ausbildung von Zellorganellen und -bestandteilen. Immer wiederkehrende Grundstrukturen sind die Membran, die Fibrille, das Granum.