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Entwicklung ist das Ergebnis von koordiniertem Zellverhalten. Dabei induzieren sogenannte Morphogene die Musterbildung, die die charakteristische Morphogenese nach sich zieht. Sind diese Morphogene durch Mutation verändert, hat dies Entwicklungsstörungen zur Folge. Ein klassisches Beispiel für den Nachweis dieses Zusammenhangs ist eine Mutation im Mausgen „Brachyury“. Die Embryonen sterben in einem frühen Stadium, weil sich das hintere Mesoderm nicht entwickelt.

Die Fortpflanzung aller Pflanzen ist an einen Generations- und Kernphasenwechsel gebunden.
Bei Moosen ist der Gametophyt, bei Farnpflanzen und Samenpflanzen der Sporophyt die vorherrschende Generation. Aus den Zygoten entstehen Embryonen, die den Grundbauplan der späteren Pflanze aufweisen. Wachstums- und Differenzierungsprozesse sind an Phytohormone gebunden. Der Mensch nutzt die Kenntnis bzgl. Wachstums- und Differenzierungsprozessen zur gezielten Reproduktion von Pflanzen.