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Die Belastungen der Umwelt und damit der natürlichen Kreisläufe sind sehr unterschiedlicher Art.
Erhebliche Belastungen der natürlichen Kreisläufe kommen durch die übermäßige Freisetzung von Stoffen (z. B. Kohlenstoffdioxid) bzw. den Eintrag von Schadstoffen (z. B. Chemikalien, Öl) in die Umwelt zustande. Besonders deutlich wird dies, wenn übermäßig viele Stickstoffverbindungen und Phosphate z. B. in einen See gelangen. Das führt häufig zur Eutrophierung des Gewässers.

Pflanzen (als Erzeuger), Tiere (als Verbraucher) sowie Pilze und abbauende Mikroorganismen (als Zersetzer) bilden in Ökosystemen Stoffkreisläufe. Sie werden besonders am Beispiel der Kreisläufe der chemischen Elemente wie Kohlenstoff und Stickstoff deutlich.