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In jeder Zelle laufen hunderte von chemischen Reaktionen ab, die in ihrer Gesamtheit als Stoffwechsel (Metabolismus) bezeichnet werden. Um zu leben, benötigen alle Zellen ständig organische und anorganische Stoffe sowie chemische Energie. Zuständig für die Energiegewinnung der Zellen sind die Mitochondrien. Unter Mitwirkung von bestimmten Enzymen und Coenzymen gewinnen die Mitochondrien insbesondere aus Glucose (Traubenzucker) und Fettsäuren Energie für alle in der Zelle ablaufenden Vorgänge.Die Stoffwechselleistungen einer Zelle hängen deshalb entscheidend von ihrer Enzymausstattung ab, welche bereits genetisch festgelegt ist. Nach der Art, welche Ausgangsstoffe für die Energiegewinnung verwertet werden, unterscheidet man autotrophe und heterotrophe Organismen. Die Energie wird in Form von Adenosintriphosphat (ATP) gespeichert, so dass der Zelle stets ausreichend Energie zur Verfügung steht.Der wichtigste Weg zur ATP-Bildung ist die oxidative Phosphorylierung innerhalb der Atmungskette unter aeroben Bedingungen (Sauerstoffanwesenheit). Viele Organismen können unter anaeroben Bedingungen (Sauerstoffabwesenheit) auf ATP zurückgreifen, das in der Glykolyse entsteht. Diese Art der ATP-Bildung bezeichnet man als Gärung.

In den verschiedenen Ökosystemen haben sich jeweils spezifische Wechselwirkungen herausgebildet. Bei vielen dieser Beziehungen spielt das Erlangen der Nahrung eine Rolle.
Der Faktor Nahrung und die sich daraus ergebenen Nahrungsbeziehungen (trophische Beziehungen) hat einen großen Einfluss auf die Struktur von Ökosystemen. Daher werden sie häufig genauestens untersucht und dargestellt. Die Beziehungen werden durch Nahrungsketten, Nahrungsnetze und Nahrungspyramiden verdeutlich.

Pilze begegnen uns auf Schritt und Tritt: In der feuchten Ecke im Badezimmer, auf der Marmelade, am alten Kirschbaum und am Zaunpfahl im Garten, auf der Laubstreu des Stadtwaldes und auf den alten Kuhfladen der Viehkoppel, auf Blättern der jungen Eiche als weißer Belag, oder an den Früchten des Pflaumenbaumes, die sich zu eigenartigen „Narrentaschen“ verformt haben.

Ohne Pilze würde den Ökosystemen der Erde so etwas Ähnliches passieren wie einer Großstadt, in der die Müllarbeiter streiken. J. E. SATCHELL (nach MÜLLER/LÖFFLER, 1982) errechnete pro ha eines Waldbodens der gemäßigten Zone einen Gehalt von 445 kg Pilztrockenmasse (gegenüber nur 7 kg Trockenmasse an Bakterien und 36 kg an anderen Kleintieren). Auch wenn es sich möglicherweise um Werte eines überdurchschnittlich pilzreichen Untersuchungsgebietes handelt, so wird doch deutlich, dass ohne Pilze die Abbauprozesse im Boden, in der Laubstreu und an allen Arten von organischen Abfällen nicht oder doch nur viel langsamer ablaufen würden. Der Stoffkreislauf in den Ökosystemen der Erde wäre empfindlich gestört.

Da Pilze nicht nur Reduzenten sind, sondern auch Konsumenten als Nahrung dienen können, kommt es über Pilze zu kurzgeschlossenen Stoffkreisläufen in Ökosystemen.
Schließlich kommt Pilzen sowohl als Parasiten als auch als Symbiosepartner von Pflanzen und Tieren große Bedeutung zu. Besonders wichtige Pilzsymbiosen sind die Flechten und die „Pilzwurzeln“ (Mykorrhiza) vieler, ja fast aller Höheren Pflanzen. Als Symbiosepartner von Tieren helfen Pilze z. B. den schwer zugänglichen Holzstoff für die Verdauung aufzuschließen. Schließlich können Bodenpilze auch als „Beutegreifer“ eine Rolle spielen: Sie fangen z. B. Nematoden mit besonderen, recht raffinierten Fangvorrichtungen.