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In den verschiedenen Ökosystemen haben sich jeweils spezifische Wechselwirkungen herausgebildet. Bei vielen dieser Beziehungen spielt das Erlangen der Nahrung eine Rolle.
Der Faktor Nahrung und die sich daraus ergebenen Nahrungsbeziehungen (trophische Beziehungen) hat einen großen Einfluss auf die Struktur von Ökosystemen. Daher werden sie häufig genauestens untersucht und dargestellt. Die Beziehungen werden durch Nahrungsketten, Nahrungsnetze und Nahrungspyramiden verdeutlich.

Archaea (von griech. archae-, archaeo = alt, ursprünglich), Archaebakterien (von griech. bakterion = Stäbchen), Urbakterien, sind die Bezeichnungen für die Vertreter einer Abstammungslinie der Prokaryoten. Heute werden die Vertreter dieser Abstammungslinie einer eigenen Domäne zugeordnet und den Eukarya und Bacteria gegenübergestellt.

Die Biozönose ist eine Gemeinschaft von Organismenarten, die sich aufgrund ähnlicher Lebensbedingungen in einem Biotop befinden. Zwischen den Organismen gibt es enge Wechselbeziehungen.
Die Organismen sind die biotischen Faktoren (lebenden Faktoren).

Waldökosysteme weisen Strukturen auf. Sie sind das Ergebnis des Wirkens abiotischer und biotischer Faktoren. Dazu zählt die stockwerkartige Schichtung. Die Schichten werden durch vielfältige waldaufbauende Pflanzenarten gebildet, die in ihrer Gesamtheit die Artenstruktur des Waldes ergeben. Die Altersstruktur drückt das Verhältnis zwischen Altbäumen, Bäumen mittleren Alters und Jungwuchs aus. Die Raumstruktur beschreibt die Ausnutzung des Luft- und Bodenraums durch die waldbildenden Pflanzen.

Das Ökosystem ist ein Beziehungsgefüge zwischen einer Lebensgemeinschaft (Biozönose) und Lebensraum (Biotop). Beide bilden aufgrund vielfältiger Wechselbeziehungen eine Einheit. Die Struktur des Ökosystems umfasst abiotische und biotische Ökosystemelemente.